מה ההבדל בין מוטיב לתחום בחלבון?


תשובה 1:

תודה על A2A,

אבל אני חושב שאמיה דרוויד ענתה נכון על שאלתך.

אז בעצם, מוטיב חלבון הוא מבנה על-משני המורכב מסליל אלפא ו / או גיליון בטא וסליל אקראי. יתכן שלא בהכרח יש לו פונקציות ביולוגיות.

עם זאת, תחומי החלבון הם שלושת המידות המובנות על / בחלבון שיכולים לתקשר עם חלבונים / מקרולולות / מולקולות אחרות ויש להם כמה פונקציות ביולוגיות. לדוגמה, גורמי תמלול (TF) הם קבוצת חלבונים שיש להם 'תחומים מחייבים DNA. TFs יושבים על המקדם או משפר ה- DNA של ה- DNA תוך שימוש בתחום ה- DNA המחייב שלהם) לפני / במהלך סינתזת RNA מ- DNA. יש TFs בעלי תחום שהם נקשרים בחריץ ה- DNA הגדול, חלקם נקשרים לחריץ הקטין.

ערוך 1:

המוטיבים אינם יציבים באופן עצמאי (אינם יציבים מחוץ לחלבון). מוטיבים יכולים להיות חלק מתחומים.

הדומיינים יציבים באופן עצמאי.

ערוך 2:

אם למוטיב יכול להיות תפקיד ביולוגי, זה יכול להיקרא תחום. למשל: מוטיבים של אצבעות אבץ קשורים לקשירת DNA, ולכן הם נקראים גם תחומי אצבע אבץ.

אז, כל האמצעים הללו, מוטיבים הם מאפיינים מבניים ודומיינים הם אזורים תפקודיים של חלבון.


תשובה 2:

מוטיב מוגדר כמבנה העל המשני בחלבון. הם עשויים להיות קטנים כמו טריפפטיד, רצף אמינו פשוט המעורבים בעיקר בתפקיד פונקציונלי כלשהו לחלבון. דוגמאות לכך כוללות מוטיב מפתח יווני, מוטיב אצבעות אבץ, לולאת אומגה וכו '. מוטיבים הם בעיקר חלק מתחום אך להפך לא ניתן.

תחומים הם ישויות גדולות מבחינה מבנית וכרוכות במבנה הרבעוני של החלבון. אלה הם חלקי חלבון מקופלים באופן עצמאי הניתנים להבחנה מבנית ופונקציונאלית כאחד. באופן כללי אלה נחשבים ליחידות החוזרות על חלבונים גדולים. דוגמאות לכך כוללות חבית בטא, תחום PDZ, קפל גלובין שנמצא בעיקר באימונוגלובולינים, חוזרים על קדרין שנמצאו בחלבוני הדבקה תלויים בסידן.


תשובה 3:

מוטיב חלבון הוא מבנה על-משני המכיל מבנים משניים מרובים בסידור יציב, ונמצא לרוב בחלבונים אחרים, ולא בהכרח בעלי דמיון כלשהו בתפקוד.

לדוגמא: לולאת אומגה היא מוטיב חלבוני עם כל רצף של חומצות אמינו, בתנאי היחיד שהוא צריך להיות מסוגל ליצור מבנה יציב הדומה לאות היוונית אומגה. זה הופך את המוטיב לשכיח ביותר, אך לא ניתן לומר דבר עליו משמעותו בתפקוד החלבון.

לעומת זאת, תחום חלבון הוא מבנה יציב בעל תפקיד ספציפי ומוגדר בחלבון ויכול להתקיים ללא תלות בחלבון, כלומר הוא יכול לשמור על המבנה שלו גם אם הוא מופרד מהחלבון.

לדוגמה: תחומי SH2 (src homology 2) נמצאים במסלולי איתות בנתיב JAK-STAT האחראים לבקרת שעתוק של גנים מסוימים. תפקידו של תחום זה הוא לקשור את החלבון המכיל תחום זה לאתרים ספציפיים בחלבון הממברנה.